1.原因  爛豆芽是由於病菌浸染正常生長的豆芽所引起的。通常培育豆芽後3-4天開始出現，壹般在胚軸的底部或胚根上部開始潰爛，然後逐漸擴大和蔓延，嚴重時使整個容器內的豆芽全部黴爛，造成很大的損失。引起爛豆芽的原因常見的有：用水不清潔，水中含有機物多，常有致腐的細菌，或者是由於淋水不及時、不均勻所引起；培育豆芽的容器如水桶、草囤，以及遮蓋物等未消毒幹凈，或者粘有油汙；豆種本身已發黴變質或帶有病菌，還有些病蟲豆粒和破瓣粒不會發芽，亦容易腐爛，然後蔓延擴大；氣溫變化大，時冷時熱，特別容易發生爛豆芽；培育豆芽時溫度過低，延長了育芽天數，也容易導致病菌浸染與蔓延，從而導致爛豆芽；培育豆芽時的溫度過高，而淋水時的水溫又過低，也易造成爛豆芽。
 2.克服措施   針對上述不同的情況，采取相應技術措施，防止爛豆芽。
（1）豆芽生產場地或工房及時消毒  豆芽生產場地工房及時器具應保持清潔，經常用消毒劑消毒。工場內嚴禁堆放化肥、農藥、柴油、油脂及其他化學藥品，豆芽生產人員嚴禁接觸油汙、化學藥品，不要用脂質潤膚品、頭油、化妝品等。飲酒後不要進入工場內，防止細菌侵入。
（2）精選豆芽  選擇顆粒飽滿的豆種，剔除病粒、癟粒，尤其是黴爛和破碎豆粒等。用0.2%漂白粉溶液，或5%石灰水，或0.2%小蘇打溶液等對豆種進行洗種，也可用熱水燙種，有助於豆芽表皮的消毒殺菌，同時可調整豆種發芽時酶的活性，提高發芽率，減少發病率。
（3）註意清潔衛生，及時清洗消毒器具  生產豆芽的容器及器具等，要經常保持清潔衛生，特別是對又腐斑的容器要嚴格消毒。壹般可用0.2%漂白粉溶液，或5%明礬，或2%小蘇打溶液清洗消毒，洗滌油汙；亦可用開水煮燙、太陽暴曬等方法進行簡易消毒。對培育豆芽的缸進行加溫消毒，即生1只煤爐，待火旺後，將缸扣上，在近地面墊壹木條，留出壹小口，以利通氣，使缸發燙進行升溫消毒。經半小時候，將缸反過來，而將煤爐放入缸中，繼續消毒半小時，即可將病菌全部殺死。
（4）控制育芽溫度  要求室溫保持在20℃-25℃，培育豆芽溫度不要低於20℃，亦不要超過27℃，使豆芽生長在較適宜的溫度條件下，特別是氣候冷熱發生較大變動時，通過淋水的方法來調節與控制豆芽的溫度，防止爛豆芽。每次淋水都要讓全部豆芽浸泡在水中，使豆芽溫度與水溫趨於壹致。同時采取相應的措施，保持培育豆芽容器周圍的環境溫度，如氣溫過低而影響豆芽生長時，采取加溫措施提高室溫，或者在容器四周加保溫層，減少其熱量的散失或者用溫水澆淋，促進豆芽生長，避免由於培育豆芽天數的延長而導致豆芽的黴爛，科發豆芽機械全自動箱式豆芽機采用自動電腦控制系統可有效減少爛菜。。
（5）水質要清潔  最好用新鮮的井水或自來水，不能用不清潔的河塘水。
（6）澆淋水要適時  壹般每4-6小時淋水1次，但實際淋水次數、淋水量及水溫等，要根據豆芽容器內的幹濕度、溫度的高低及豆芽生長的不同階段來確定。如夏季豆芽發芽容器內的溫度易升高，淋水的次數應增加，水溫要低，淋水量要大。每次淋水都要求淋透、淋水均勻，如水溫較高時，可在水中加入少量石灰或明礬。冬季則采用溫水來澆淋。及時淋水可使豆芽新陳代謝後產生的廢汙質及時排出。
（7）使用消毒凈   消毒凈為白色結晶粉末，具有高效、安全、無殘留的特點，是壹種較好的消毒劑，能殺滅細菌、真菌、結核桿菌、蠟樣桿菌、大腸桿菌、芽孢和病毒等。消毒凈對人畜安全，無蓄積毒性和誘變作用。消毒凈用於豆芽消毒，用3000倍液淘洗浸泡3-5分鐘，即可消滅豆種表皮的各種病菌。
在豆芽生長期間與發病初期，可用消毒凈500倍液噴灑發病豆芽1-2次，抑制病菌孳生；在發病中期，可用消毒凈300倍液浸泡病豆芽10-15秒鐘，達到控制蔓延的目的；在發病後期，可用消毒凈500倍液噴打病豆芽，然後挖坑深埋，並將器具用消毒凈200倍液浸泡3-5小時，以防止以後發病。